2014年根据北部湾大学“建成海洋特色鲜明的高水平应用型大学”的办学目标定位，开始筹建港口航道与海岸工程专业。北部湾大学港口航道与海岸工程专业（以下简称“港航专业”）于2017年5月获批设立，2017年9月首次招生，2018年作为海洋交通与运输工程专业群的重要组成部分，获得广西本科高校一流学科建设项目支持。2018-2021年获得广西本科高校特色专业及实验实训教学基地（中心）建设项目支持。2021年获自治区一流本科专业建设点。港航专业依托海洋交通与运输工程专业群，2021年申报“北部湾海洋环境结构材料耐久性广西野外科学观测研究站”并获批。港航专业现有钦州市港口航道与近海工程重点实验室”、“钦州市结构健康监测工程技术研究中心”2个市级科研平台和“港口、海岸与近海工程”校级重点学科平台。在校友会2025中国大学水利类专业排名中，湾大港航专业（应用型类型），档次为A+，排名第3，星级为5。