土木工程专业于2016年开始招收本科生，是北部湾大学建设成立期间新开办的应用型本科专业，是建筑工程学院根据区域经济需求审时度势、融入学校“海洋交通运输与工程”重点学科专业群、主动适应北部湾经济区地方产业发展的背景下而设立的专业。2021年申报“北部湾海洋环境结构材料耐久性广西野外科学观测研究站”并获批。土木工程专业现有 “钦州市结构健康监测工程技术研究中心”1个市级科研平台。近3年来，学生参加广西大学生结构设计竞赛，获得二等奖1项，三等奖2项。本专业共有教师17名教师，师资队伍中9名教师具有工程背景，为培养应用型人才奠定基础。本专业教师在自治区级教学比赛中获得三等奖1项，获得自治区级教研教改项目6项。